控股股东慷慨出手相救，却并没有为长航凤凰带来预期收益。因对处置资产的会计处理偏差，长航凤凰2012年的亏损额从8.05亿元扩大至18.8亿元。
2012年8月28日，公司将持有的十三艘船舶和相关负债转让给控股股东，以减轻资金风险和偿债压力。截至2012年6月30日，拟转让船舶资产的账面值为33.37亿元，与之相关的一同转让的负债为33.07亿元，净额2945.28万元；经评估后上述13艘船舶的资产和负债评估后净额为-10.72亿元。控股股东承接十三艘船舶的交易对价为零。
长航凤凰认为，此次评估价值只宜作为成交参考值，2012年基于未来航运市场的预测，目前同行业中尚未有航运企业对同类型船舶计提减值准备，公司对同类型船舶2011年末和2012年减值测试结果显示该批资产未有减值。公司与关联方的交易价格以账面价值成交，是资产公允价值的体现，交易价格合理，未显失公平。按双方的交易价格，公司原会计处理确认营业外支出2945万元，即确认资产与负债账面价值差异。
而年审会计师则认为，交易资产的评估价格应为公允价值，按照证监会公告[2009]34号《关于做好上市公司2009年年度报告及相关工作的公告》的相关规定和解释，高于评估价格的部分约11亿元需作为资产处置损失，同时等额增加股东投入并计入资本公积。
就此，双方分歧严重。4月16日，经有关部门会商后，认为会计师的处理意见更为妥当。长航凤凰决定相应调整了相关会计处理。修正后：公司营业外支出(非流动资产处置损失)增加10.75亿元，归属于股东的净利润由亏损8.05亿元增加到亏损18.80亿元，与此同时，资本公积金增加10.75亿元。
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