十二届全国人大一次会议10日举行第三次全体会议。受国务院委托，国务委员兼国务院秘书长马凯向大会作关于国务院机构改革和职能转变方案的说明。马凯指出，这次改革，要以更大力度，在更广范围、更深层次上加快国务院机构职能转变，重在向市场、社会放权，减少对微观事务的干预，同时改善和加强宏观管理，严格事后监管。
参加两会的代表委员表示，此次大部门制改革将推进新一轮市场化改革，进一步发挥市场在资源配置中的基础性作用。通过整合行政资源，减少机构数量，降低部门协调成本，使政府运作更有效率，更符合市场经济条件下的宏观管理角色定位。代表委员还表示，国务院机构改革应注重职能的重组、融合和转变。在组织实施过程中，有效协调和整合是关键。
国务院机构改革的具体内容是：实行铁路政企分开，完善综合交通运输体系，组建国家铁路局和中国铁路总公司；组建国家卫生和计划生育委员会，提高出生人口素质和人民健康水平；组建国家食品药品监督管理总局，提高食品药品安全质量水平；组建国家新闻出版广播电影电视总局，促进新闻出版广播影视业繁荣发展；重新组建国家海洋局，推进海上统一执法；重新组建国家能源局，完善能源监督管理体制。改革后，除国务院办公厅外，国务院设置组成部门25个。
国务院机构职能转变包括六个方面的措施：一是充分发挥市场在资源配置中的基础性作用；二是更好发挥社会力量在管理社会事务中的作用；三是充分发挥中央和地方两个积极性；四是优化职能配置；五是改善和加强宏观管理；六是加强制度建设和依法行政。
中央编办负责人近日接受人民日报、新华社记者采访时表示，新形势新任务新要求，国务院部门在职能定位、机构设置、职责分工、运行机制等方面还存在不少问题。这些问题，一定程度上制约了社会主义市场经济体制的完善，抑制了经济发展活力和社会的积极性、创造力，增加了生产经营活动非经济成本，同时也容易产生以权谋私、贪污腐败等现象，严重损害党群关系，损害政府威信。必须站在全局高度，以更大的政治勇气和智慧，凝聚力量，攻坚克难，继续推进国务院机构改革和职能转变，通过体制改革和制度机制建设，切实解决好这些问题。
在实行铁路政企分开方面，中央编办负责人表示，这次改革，实行铁路政企分开，将铁道部拟订铁路发展规划和政策的行政职责划入交通运输部；组建国家铁路局，由交通运输部管理，承担铁道部的其他行政职责；组建中国铁路总公司，承担铁道部的企业职责。通过改革，有利于形成政府依法管理、企业自主经营、社会广泛参与的铁路发展新格局；有利于厘清企业和政府角色；有利于充分发挥各种交通运输方式的整体优势和组合效率。
针对组建国家食品药品监督管理总局、重新组建国家能源局等大部门制改革，全国政协委员李毅中指出，大部门制改革是按照建立中国特色社会主义行政体制目标的要求，以职能转变为核心，继续简政放权、推进机构改革、完善制度机制、提高行政效能，加快完善社会主义市场经济体制，为全面建成小康社会提供制度保障。他说，“大部门制不是板块的拼接，而是有机地融合，把相近的行政资源组合在一起，让宝贵的行政资源发挥更大作用。这样就减少甚至避免了职能重叠。”
中国行政体制改革研究会副会长汪玉凯对《经济参考报》记者表示，《国务院机构改革和职能转变方案》是行政体制改革的综合方案，是通过国务院机构调整、职能转变落实十八大提出的行政体制改革的整体思路。汪玉凯说，“此次改革着眼于市场化取向，加快完善社会主义市场经济体制，做到政府有所为有所不为，既为市场经济发展营造良好环境，又能够有效弥补市场机制的不足。”
对于两会后的具体实施问题，代表和委员表示，大部门制改革要注重有效协调和整合。
李毅中说，将来的改革和调整牵涉到许多部门，如果配合得好，磨合得好，改革就会比较顺畅。汪玉凯则强调，对于大部门制改革，不应只注重形式上的合并，更应注重政府职能的重组、融合和转变。改革牵涉到的机构能不能有效协调、整合是个问题，所以要站在全局高度统一考虑。
全国人大代表丁荣余对《经济参考报》记者表示，大部门制改革的关键是要实现大成效。改革应该有两个导向，即目标导向和市场导向。大目标是促进中国经济和社会健康发展，因此不应在部门利益上争来争去；所谓市场导向，即很多事情应该通过市场化手段解决，政府不应大包大揽。
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