造成我国初次收入分配不公，既有我国经济发展所处阶段的一些客观因素，也有经济改革滞后等主观因素。与要素相关的一些初始配置和扭曲，具有我国经济发展阶段的一些固有特征，属于比较客观的因素；而由于税种和经济体制改革的严重滞后所导致的分配问题，就属于主观因素。
其一，经济结构的不合理和城镇化进程的滞后。一方面我国中低端产业在经济中所占份额较重。长期以来我国经济发展方式集约化程度不高，依靠低成本生产要素高强度投入的生产方式，劳动力结构呈明显的金字塔型，劳动力总量中低端劳动力数量过多，比重过大，影响收入水平上升。另一方面城市化进程严重滞后。从1978到2011年的30多年，国内生产总值年均增长9%以上，但是城市化率仅从1978年的17.92%上升到2011年51.3%，年均增长仅1个百分点。城市化进程的严重滞后，使得大量农村剩余劳动力滞留在农村，造成农民增收困难，城乡居民收入差距不断扩大。
其二，资源要素缺乏市场化、规范化的配置与调节机制。首先，要素的初始配置不公平。主要表现在：公共资源占有的不公平，垄断企业和国有企业往往依靠身份、权力等非分配要素进入分配领域，少数单位和个人利用特权从一开始就获得要素的初始配置，进而获取高额垄断利润。中国行业的收入差距中，有20%是由垄断行业带来的(王小鲁)。现行的体制下，由于国有企业与政府有着更密切的联系，资本、高素质人才往往更倾向于流向国企。同时，教育资源配置不公，东部比西部、城市比乡村拥有更优质的教育资源。还有就是政策资源配置的不公，导致一部分地区先发展起来。
其次，要素流通机制扭曲。从经济学的角度，要获得比较平均的收入，前提之一是要素在空间上的自由流动。我国目前矿产资源作为一种重要的生产要素，在流通中产生的增值并没有使得生产地获得相应报酬，其价格也存在严重的扭曲。二元体制下的户口制度使得农村劳动力自由流动和土地流转受到阻碍，农民的身份在就业、收入分配以及公共品分享方面，仍然受到相当程度的歧视待遇。
城乡土地市场的分割，使得农民拥有的土地无法通过交易而自由流动，因而无法实现土地在市场中的真实价值。而当土地有机会实现升值的时候，收益往往被地方政府获取。农民仅靠劳动性收入没有财产性收入，城乡之间的差距很难缩小。
再次，要素价格形成还不够规范。资源要素价格缺乏市场化、规范化的形成机制。城乡二元结构下，劳动力价格形成机制存在的不平等，就是造成城乡差距的主要原因之一。城乡二元体制下的土地价格也不是由正常市场形成，农民在土地增值中不能获得应有的收入增长。资源要素价格存在着“多轨制”，导致不同所有制企业获取资源的方式存在极大的不公平。这在很大程度拉大不同所有制企业之间的收入差距。资源要素价格总体水平偏低。高经济价值资源负的外部性没有收费，使得“资源类产品”价格偏低，严重影响地区收入水平差距扩大。劳动价格的总体水平长期偏低，导致居民收入在国民收入中的比重偏低。
其三，税收体制改革不够完善。我国当前流转税在初次分配中占了很大比例，而真正具备收入调节功能的所得税被弱化。2011年，我国全部税收收入中来自流转税的收入占比为70%以上，而来自所得税和其他税种的收入合计占比不足30%。在美国，联邦政府收入超过40%来自个人所得税，如果加上薪酬税，占比达到80%左右，而我国个人所得税只占税收总收入的6.7%。
流转税又以增值税、营业税和消费税等为主体，且增值税税率偏高，挤压了居民收入。在总税负偏重的情况下，还存在区域、行业间税负结构不合理问题。在区域税负方面，由于我国实行以流转税为主体的税制结构，而生产销售企业主要位于大中城市和经济发达地区，这就出现了税收向生产地集中，税负向消费地转嫁的现象。在行业税负方面，初次分配中对国有企业、特别是具有垄断性行业的国有企业，未建立健全利润上缴、资源占用税等制度并认真贯彻落实。目前对国企的税后利润征收不超过10%的国有资本收益金，之外没有利用其他财税手段加以调节，而且收取的收益金绝大部分还是用于该行业发展，未能真正惠及民生并使全体国民从中受益。此外，我国不同税种均体现出收入差距逆向调节的现实。营业税具有流转税的普遍特点，易转嫁给消费者负担。以间接税为主的税制结构在调节收入分配方面的功能相对较弱。
其四，国企利润上缴比例过低。由于国企的出资人是全国人民，国企利润大幅增加带来的福利理应被公众所享受。根据国际惯例，一般上市公司股东分红比例为税后可分配利润的30%到40%，某些西方发达国家盈利好的企业甚至向国家缴纳税后利润的70%至80%。而我国的国企利润从1998年改革后最高上缴只有5%。2011年起中央对央企红利进行调整，资源型企业(如烟草、石油石化、电力、电信、煤炭等)征收比例为15%，一般竞争性企业(如钢铁、运输、电子、贸易、施工等)征收比例为10%。即使上缴比例本身就很低的红利，大部分还回到了这些企业的口袋里。国企上缴比例过低，导致利润留存过多，将会导致企业投资冲动和过度扩张，进一步加剧某些行业的集中度，加剧行业之间和不同所有制企业之间的收入差距，也影响城乡之间收入差距。
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