1994年的工商税制改革初步确定了市场经济下我国税收制度的基本格局，在此后的十几年间，随着社会主义市场经济的不断完善，结合国内、国外客观经济形势的变化，我国又推行了以“费改税”、内外资企业所得税合并、增值税的转型为主要内容的税制改革。
1.税费制度调整中的“费改税”，将一些具有税收特征的收费项目转化为税收。2000年10月22日国务院颁布了《车辆购置税暂行条例》，自2001年1月1日起在全国范围内征收车辆购置税，开征的同时，取消了车辆购置附加费。同时，为了切实减轻农民负担，中央决定从2000年开始在农村开展税费改革。农村税费改革过程中，根据“减轻、规范、稳定”的原则对农（牧）业税和农业特产税进行了调整，明确在5年内将逐步取消农业税。2006年3月14日，第十届全国人大第四次会议通过决议，宣布在全国范围内彻底取消农业税。
2.内外资企业所得税的合并。为维护国家的税收主权，制定适应我国市场经济发展要求和国际发展趋势的企业所得税法，2007年3月16日，第十届全国人大第五次会议审议通过了《企业所得税法》，结束了企业所得税法律制度对内外资分立的局面，逐步建立起一个规范、统一、公平、透明的企业所得税法律制度。
3.对车船使用税、城镇土地使用税等零星税种的改革。2007年1月1日《车船税暂行条例》正式实施，取代了1986年9月15日国务院发布的《车船使用税暂行条例》。此外，修改过的《城镇土地使用税暂行条例》也于2007年1月1日起正式实施。这次修改将外商投资企业和外国企业也纳入了城镇土地使用税的纳税人范围，同时根据社会经济的发展情况，将税额标准也做了提高；2006年4月28日国务院还公布了《烟叶税暂行条例》，对烟叶的收购实行20%的比例税率。这样，截至2007年底，我国现行税制中的税种设置进一步减少为18个，税制更加规范和统一。
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