根据两会披露的国务院机构改革方案，铁道部将实行政企分开改革。此项改革对现有存量铁道债以及今年新发行的铁道债具有非常重要的意义。
首先，未来将由铁路总公司担负起铁路建设运营及其相关的投融资等企业职能。铁道部原有的行政职能和企业职能分离后，前者将由交通运输部及其下属的国家铁路局执行，后者则由铁路总公司来执行。除了并入交通运输部统筹管理的拟订铁路规划和政策的职责以外，由交通运输部下属国家铁路局承担的其他行政职能包括：拟订铁路技术标准，监督管理铁路安全生产、运输服务质量和铁路工程质量等。而铁路总公司则负责铁路运输统一调度指挥，经营铁路客货运输业务，承担专运、特运任务，负责铁路建设，承担铁路安全生产主体责任等。显然，由于交通运输部及其下属国家铁路局的主要职责中都不包括铁路的具体建设运营，因此与之相关的投融资活动很显然会一并剥离到铁路总公司。
其次，历史铁道债务形成的铁路相关运营资产既有公益性质也有经营性质，因此我们预计在铁道部存量债务处理上不会采取一刀切或者完全剥离的方法来进行。《国务院机构改革和职能转变方案》中指出，国家会继续支持铁路建设发展，对于公益性线路以及公益性业务仍然会有补贴。我们的理解是，在明确区分现有铁路相关运营资产的公益性或者经营性之前，国家仍然会承担相关存量铁道债务(主要是铁路建设投资和机车购买所形成)的本息偿还。不过，由于后期会进行“加快推进铁路投融资体制改革和运价改革”，前者我们认为是指未来将由铁路总公司以企业形式进行市场化投融资，而运价改革则有利于理顺价格体系，提高铁路运营效率，增强铁路总公司的财务状况和融资能力。此外，我们认为，铁路总公司在使用和运营现有铁路资产时，很可能采用购买、租赁等方式来进行，并由国家进行注资以获取相关运营资金。
第三，铁道部的改革，会改变现有的铁道债未来供给水平，对存量债以及今年新增铁道债利好，中期来看，预计相比金融债利差可能在现有基础上至少下降30bp。目前同期限的铁道债(以不免税的10年期品种为例)与金融债之间的利差超过70bp，而即使考虑到两者之间存在的风险权重差异(不考虑由于授信或者风控审核等制度造成的机构偏好差异)，利差也不应该超过20bp。根据我们前期的研究结果，过去两者之间的差异主要是由于铁路投资加速上升带来的铁道债相对供给上升所导致。预计改革彻底完成之时，经发改委和央行批准的以政府名义发行的铁道债将成为过去时(供给下降)，再加上国家对存量铁道债的支持(信用资质甚至会提升)，显然会压缩铁道债与金融债之间的利差，我们预计下降幅度至少在30bp。而对于2013年已经计划发行的政府支持性质铁路建设债券大概率仍将保留免半税和风险权重20%的优惠，发行利率对比老券将出现明显回落，一级利率的大幅回落很可能引导投资者预期，压低二级市场铁道债利率水平。
此外，铁道部的企业职能剥离到了铁路总公司之后，除2013年已经计划好发行的铁道债以外，未来将不再存在可比的“铁道债”，取而代之的是铁路总公司发行的信用债。未来铁路总公司发行债券很可能遵循两条路径。我们预计，铁路路网建设和规划的实现未来仍将面临较大的融资缺口，政企分离可能带来铁道投融资方式沿两条路径出现分化：归属铁路总公司进行统筹和运营管理的、盈利能力较强的铁道相关线路，可能采取市场化融资方式，以企业信用发行债券、吸引社会资本参与等方式加以运作，融资成本上，由于发行人属性由政府部门降为企业，评级和定价将向一般AAA债券靠拢；盈利能力相对较弱，但承担了公益性建设责任的相关线路，则更可能以财政补贴、加大支持性投入的方式予以解决。
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