由于不设财务门槛，申请挂牌企业可以尚未盈利，新三板被认为是一个类注册制的市场。然而由于交投并不太活跃，融资渠道相对单一，转板机制的缺失成为制约新三板发展的主要矛盾。
在2014年11月19日召开的国务院常务会议上，国务院总理李克强再提注册制，指出要抓紧出台改革方案。12月3日，证监会副主席姚刚在 “加快发展多层次资本市场主题座谈会”上表示，证监会在11月底已将股票发行注册制改革的方案上报国务院，2015年将公开征求意见，讨论取消股票发行的持续盈利条件、降低小微企业和创新型企业的上市门槛，进一步推动创业板改革，拓宽创业板市场的覆盖面，同时丰富新三板的市场交易方式和融资方式。在注册制真正推行之前，还需要修改《证券法》，最快将在2015年6月份提交给全国人大常委会进行三审，如果能顺利通过，则注册制将在2015年下半年得以推行。
根据国泰君安的观点，注册制的推出极有可能与新三板的转板机制相结合。国泰君安中小盘研究团队分析认为，注册制的推出是循序渐进的。注册制有望率先在创业板进行分层，形成一个新的板块推行注册制，可能是新三板已经挂牌的优质公司，或者高科技未盈利公司在新三板挂牌一年以后，直接转板至创业板。
前述上海某跟踪新三板的券商分析师指出，理想状态就是各个市场可以自由流通，但目前来看难度非常大。就转板而言，分层可以加速转板机制推出，但不是必要条件，转板更应该受注册制推出的影响，因为A股注册制推出之后，两个市场之间的盈利规定差距就会缩小。
广证恒生分析师袁季也指出，长远来看，注册制的改革将会促进新三板市场顶层制度的加快完善，功能定位更加清晰，使其真正成为多层次资本市场的重要组成。
而这也是挂牌公司关注的焦点之一。中搜网络总裁陈沛表示，一直以来，国内资本市场对未盈利互联网企业缺少一个应有的价值评估体系，体系没有被建立就意味着不知道怎么去评估一家互联网公司的好坏。但改变是必然的，所以无论是注册制，还是新三板可能的转板通道，都是目前国内资本市场已经开始考虑如何正确认知互联网公司的体现。“对于中搜网络来说，如果注册制实施后转板机制能够打通，公司就可以有两个选择——如果能转创业板，无论流动性也好估值也好，对互联网公司成长更好，优势显而易见；但新三板本身发展也是非常迅速的，它没有包袱，完全按照新的制度设计，从某种意义上来说基础更好，更有可能成长为中国的纳斯达克、高科技的摇篮。所以对中搜网络来说，只会选择更适合自己的平台。”
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