深交所的公开谴责显然只是一个开始，对于深陷“代持门”的北大方正和政泉控股而言，来自监管部门的监管压力正在进一步加强，而对于被卷入其中的两家上市公司北大医药和方正证券，麻烦也正在不断加大，一方面，北大医药被迫发布了退市风险警示，而方正证券则正式陷入了诉讼纠纷，与民族证券的整合也变得遥遥无期。
12月14日晚间，北大医药发布公告，于11日收到深交所对北京政泉控股有限公司（下称“政泉控股”）及北大资源集团控股有限公司（下称“北大资源”）的《纪律处分事先告知书》。
公告宣布，由于未及时披露代持协议及权益变动情况，并同时存在股东大会审议关联议案时未回避表决的违规行为，政泉控股和北大资源同时受到深交所的公开谴责处分，并要求在12月 18日前向深交所提交书面陈述和申辩。
而在稍早之前的12月12日，北大医药宣布，由于该公司涉嫌违反证券法律法规受到证监会的立案调查，如公司因此被受到中国证监会行政处罚，并且在行政处罚决定书中被认定构成重大违法行为，或者因涉嫌违规披露、不披露重要信息罪被依法移送公安机关的，公司将因触及《深圳证券交易所股票上市规则（2014年修订）》13.2.1条规定的欺诈发行或者重大信息披露违法情形，公司股票交易被实行退市风险警示。实行退市风险警示三十个交易日期限届满后，公司股票将被停牌，直至深圳证券交易所在十五个交易日内作出是否暂停本公司股票上市的决定。
12月15日，北大医药在盘前集合竞价时段一度跌停，截至收盘，北大医药收报于17.21元/股，下跌1.21%。另外，北大方正和政泉控股分别作为方正证券的第一大股东、第二大股东，这两者之间不断激化的矛盾也正在越来越多的对方正证券产生影响。12月11日，方正证券发布公告称，该公司已于12月10日收到长沙市天心区人民法院《应诉通知书》【（2014）天民初字第3847号】、《传票》、《举证通知书》等相关材料，政泉控股以股东知情权纠纷为由向长沙市天心区人民法院起诉方正证券。政泉控股要求方正证券提供自2014年8月11日以来，公司股东名册、历次股东会会议记录、股东代表会议签字文件及股东会决议、董事会会议记录、董事会议签字文件及董事会决议，公司的全部财务账目、会计凭证以及财务会计报告；并要求方正证券董事会自即日起自董事会、监事会改选完毕前，停止一切董事会会议、停止对外发布任何与改选董事会、监事会无关的决议；以及赔偿经济损失125.55万元。
公开资料显示，11月18日，中国证监会对对北大医药、北大资源控股、政泉控股等涉嫌虚假信息披露的违法违规行为进行立案调查。公开资料显示，截至目前，尽管对于代持原因各有不同说法，但确定北大医药股份代持已经没有争议，争议的核心则是在于是否存在内幕交易问题。一位业内人士表示，如果仅仅涉及代持的话，北大医药以及北大方正、政泉控股所面临的行政处罚将比较轻微，一般也就是责令改正、对主要负责人警告再加上数十万元的罚款，不痛不痒，北大医药真正面临退市的风险也比较小。不过，如果最终的调查结果真正涉及内幕交易的问题的话，恐怕难以善了。
无论最终结果如何，此次“代持门”事件显然已经对北大医药和方正证券产生了极为不利的影响。对于北大医药而言，“绯闻缠身”使得这家公司雄心勃勃的扩充计划大受影响，稍早之前，该公司公告称，证监会鉴于已对公司进行立案调查，根据《上市公司证券发行管理办法》的相关规定，中止审查公司发行股份购买资产并募集配套资金暨关联交易事项。
对于方正证券而言，问题则更为麻烦：陷入停滞的对于民族证券的收购后整合，以及该公司第一大股东和第二大股东之间“刺刀见红”紧张关系。早前的12月2日晚间，方正证券发布重大风险提示公告，宣布由于民族证券董事会、管理层拒绝配合，可能影响上市公司2014年年度报告审计工作的正常开展。
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