7月2日，国务院总理李克强主持召开国务院常务会议，部署严肃整改审计查出问题，确定促进旅游改革发展的政策措施，决定深化科技成果使用、处置和收益管理改革试点。
会议指出，对审计查出的问题要不折不扣坚决严肃整改，同时要着力构建长效机制，从公开透明的预算制度入手，推动建立现代财政制度。
有业内专家向《每日经济新闻》记者表示，改进预算管理推行公开透明的预算制度能有效地规范和监督政府行为。
6月25日，审计署公布了38个中央部门单位2013年度预算执行情况和其他财政收支情况审计结果。结果显示，这些部门本级和所属单位预算收支基本符合预算法和其他财经法规的规定。但是也审计出不少问题，主要问题集中在部门本级及下属单位违规发放福利、预算超标、虚假发票，“三公经费”超支和设备采购及审批流程等方面。
会议表示，对审计查出的问题，一要不折不扣坚决严肃整改。各相关部门和单位“一把手”是整改的第一责任人，要列出整改任务清单，排出时间表，实行对账销号，10月底向国务院报告整改情况，并在向全国人大报告后对社会公布。
会议指出，要通过整改促进稳增长、调结构。一方面要盘活趴在账上的存量资金，整合专项、优化增量，切实使宝贵资金用在刀刃上。另一方面要促进“脱实向虚”的信贷资金归位，更多投向实体经济，有效降低企业特别是小微企业融资成本。三要着力构建长效机制。用改革的办法解决前进中的问题，克服屡审屡犯的“牛皮癣”。从公开透明的预算制度入手，推动建立现代财政制度。进一步简政放权，将适合地方管理的事项连同项目确定权和相关资金分配权一并下放。强化责任追究，建立和落实决策审批终身责任制、执行监督连带责任制，依法规范财政收支行为。确保公帑花得明白、用得其所、造福人民。
6月30日召开的中共中央政治局会议已审议通过了 《深化财税体制改革总体方案》，其中改进预算管理制度是三个改革的重点，要求加快建立全面规范、公开透明的现代预算制度。中国财税法研究会会长、北京大学财经法研究中心主任刘剑文认为，如果不强化预算约束，不公开透明，都谈不上现代预算制度，这些是现代财政的基本要求和要素，“改进预算管理制度，能规范政府行为、实现有效的监督。”
国家行政学院教授竹立家在接受《每日经济新闻》记者采访时说，审计的效果和整改需要引进人大立法和监督机构。“政府各个部门是权力的执行者，运行效果应由人大来监督，发挥人大的效力，这是我国实行现代治理的关键环节。”
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