随着信息化、网络化技术的快速普及，非现金交易的大力推行，支付渠道不断丰富，支付市场参与主体逐渐增多，支付业务环节日趋复杂化，在提升支付业务效率的同时，也产生了一些问题和风险。
随着我国经济和社会全面发展，金融支付业务蓬勃发展，支付手段和渠道不断创新，第三方支付机构异军突起，支付清算系统更加多元化。
在发展中，第三方支付机构行为也暴露出一些问题。如支付机构集合客户沉淀资金，以公司对公存款名义存放在银行，银行支付利息为支付公司所事实占有；以沉淀资金（对公存款）作为与银行业务强制合作的捆绑条件，引发银行存款市场的无序竞争；套用银行低风险业务端口开办高风险支付业务；绕开央行支付体系开展跨行支付业务等。
银行卡技术安全也存隐忧。截至目前，全国已发行银行卡35.34亿张，基本沿用的是磁条卡技术，安全性低，容易被复制和盗刷。
网上支付安全存在漏洞。客户在网上容易将卡号、密码泄露给不法分子，或登录伪冒网站误填重要金融信息，账户资金极易被盗。
POS机收单安全管理不到位。截至2012年末，我国已布放银联联网POS机逾700万台,联网商户近500万户。一些收单机构对商户资质标准把关不严、恶性竞争，造成商户登记信息混乱，增加监测难度。
消费者权益保护和信息安全面临挑战。需要进一步明确第三方支付机构的性质和业务范围，并完善其沉淀资金管理。根据人民银行的准入事项，第三方支付机构的经营范围应限于支付结算服务，如要开展吸收资金、发放贷款、代销金融产品等金融业务还应取得相关许可。同时应按照我国分业经营的监管原则严格禁止超范围经营。
还要加快推进银行卡安全技术升级。逐步用IC芯片卡替代传统磁条卡。2015年开始，发达经济区和重点行业全部使用芯片卡，取消磁条卡。
统一监管标准。相关部门对从事支付业务、银行卡收单等业务的非金融机构在实名制管理、技术安全、客户权益保护等方面适用与银行业金融机构统一的法律法规标准，避免宽严不一导致风险薄弱点和监管套利。加强对商业银行支付业务的监督。特别是针对一些银行及分支机构未能严格执行相关监管要求，不对第三方机构扣款指令进行真实性审核，未经授权对外提供客户信息问题，应尽快纳入监管部门的现场检查范畴。
强化行业自律。有关行业组织应该严格执行行业标准和行业规范，杜绝管理漏洞。探索加强支付安全信息共享平台机制建设。对于违规开展业务的收单商户、合作机构建立行业内的“黑名单”制度。在银行吸收第三方机构存款、客户信息保护、业务合作等方面加强行业自律，完善公约约束机制，避免无序竞争。
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