在20世纪70年代，美国专户理财的费率达到3%，比当时的共同基金费率高出大约一倍，这很可能是前几十年专户理财业务得不到迅速发展的主要原因。在近二三十年中，随着该行业使用技术的变革，费率水平呈现出明显的下降。目前，根据资产管理协会(MMI)的统计，在不考虑投资顾问费的条件下，美国共同基金平均费率水平为1.56%，专户理财的平均费率水平为1.25%，应该说是比较合理的。
专户理财的费用结构主要存在两种形式：一种是包管型；一种是非包管型。它们之间的一个重要差异就是对交易收取的费用不同，非包管型项目收取的交易费将随着交易量或交易次数的增加而增加，而包管型项目的费用是事先确定的，与交易量或交易次数没有关系。对客户而言，如果他希望进行大量的交易，那么包管型项目是有利的，否则非包管型项目是有利的。专户理财业务主要包括四部分费用，如果希望清楚地了解专户理财的收费情况，以确定在哪部分发生了成本，该支出是否具有价值，那么就要将各部分费用分开来看。
投资管理费。投资管理人的核心功能就是投资组合管理，他所收取的费用根据账户的总资产而定。随着所管理资产规模的增加，收取的费用呈现一个超额累降的模式。投资管理人所收取的管理费与项目发起人提供的服务具有一定联系，例如，项目发起人能够提供交易记录系统，那么项目发起人收取的费用就会高一些，而投资管理人收取的管理费就会低一些。另外，税收控制管理同总收益管理相比复杂性较大、成本较高，因此管理费也会高一些。
投资顾问费。投资顾问费的确定，一方面要考虑委托资产的规模，另一方面要考虑投资顾问的经验和专业程度。通常来说，将投资顾问作为核心业务的机构，比将该业务作为附属业务的机构收取的费用要高。
项目发起费。项目发起人所提供的服务与投资委托人、投资顾问、投资管理人都有一定关系，提供服务的内容可能会有很大差异，收取的费用可变性也很强。项目发起人提供的常规性服务有：客户情况报告、联系各关系方、建立账户、账户管理、投资管理人绩效评估，备选性服务有：信托、投资组合设计、投资记录保存和账户数据网络传递等。项目发起人收取的费用是基于每账户资产的规模来定，而不是总资产的规模。
此外，还有托管费、清算费和交易费。这几种费用通常也是根据每账户资产确定的。
在实际的专户理财项目中，某一个公司可能担当多个角色，那么该公司收取的服务费根据其所提供服务的种类和数量的多少而定。 |
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