两会期间，自贸区如何深化完善基本体系，突破瓶颈、疏通堵点、激活全盘，如何加快形成公平、统一、高效的市场环境，成为一些代表委员关注的热点。 全国人大代表、上海市市长杨雄表示，上海自贸区正在持续深化改革，今年将重点推进五项重点工作。全国人大代表、广东省省长朱小丹表示，粤港澳合作是广东自贸区建设的最大优势之一，继续深化合作已经列入了2016年的重点工作。

　　上海：推动证照分离改革

　　杨雄6日表示，上海自贸区正在持续深化改革，今年上海自贸区将重点推进五项重点工作：开展商事制度改革，主要是推动证照分离改革，目前这个方案已制定好，约在4月份开始施行；降低 进出口成本， 国际贸易 “单一窗口”建设从1.0版升级到2.0版；进一步探索扩大货物状态分类监管；积极稳妥落实好“金改40条”；加强事中事后监管，在取消审批的情况下防范风险。上海自贸区将进一步形成一批可复制、可推广的改革经验。

　　广东：创新粤港澳合作模式

　　3月6日，朱小丹接受记者采访时表示，粤港澳合作是广东自贸区建设的最大优势之一，继续深化合作已经列入了2016年的重点工作之中。朱小丹介绍，早在2014年底，率先实现了粤港澳互通的自由化，现在广东自贸区对港澳投资者全面实施了负面清单管理模式。2015年广东自贸区的三个片区已经入驻了港资企业3781家，接下来将进一步创新粤港澳的合作模式。

　　朱小丹表示，将通过负面清单先行先试推进粤港澳服务行业管理标准和规则的衔接以及从业人员的资格互认，加快自贸区的建设，依托自贸区的合作加快优势产业建设，吸引和支持港澳青年来自贸区等地开展创业创新，加强两地青年的交流合作。广东在广州南沙、深圳前海、珠海横琴三大自贸实验区已经设立了相关的服务机构，促进两地交流，将把广东打造成港澳青年北上创业的第一站。